La moschea di Fatih venne costruita da Mehmet il Conquistatore dopo la conquista di Istanbul. Egli costruì la moschea in cima alla collina sulle rovine della chiesa degli Apostoli, il cimitero degli imperatori bizantini. Per l'importanza che il luogo aveva, Mehmet decise di venir seppellito qui. La moschea originale ospitava anche scuole islamiche, un luogo di sosta per i pellegrini e una vecchia taverna. Sfortunatamente la moschea costruita da Mehmet venne distrutta nel 1766 da un terremoto e quella che si trova al suo posto oggi è stata ricostruita nel 1767 - 1771.